进入了明治时代曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活谁知就在这一天倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也 饰）当年被新政府背叛侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划大久保死后深感背负不可推卸责任的剑心只身上路在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤 饰）还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇与此同时相乐左之助（青木崇高 饰）、神谷薫（武井咲 饰）、明神弥彦（大八木凯斗 饰）、斋藤一（江口洋介 饰）也相继赶往京都阴云密布的时代酝酿着一场席卷全国的风暴…… 　　本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编