谁也不曾想过七十年前那期神秘的罗斯威尔事件时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响并且鲜少有人窥见真相的全貌即使它就在那里某天过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）重新聚在一起原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相以此为契机关闭已久的X档案重新开启一度对各种离奇事件失去信心的穆德在斯科莉的陪伴下重新踏上征程 　　而这一路上层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来将相继呈现在他们的眼前……